Il a exercé les fonctions de vice-président (programmes et recherches) de lAssociation internationale détudes québécoises (1995-2001) et celles de président de la Société québécoise de science politique (1991-1992). Les travaux du professeur Gagnon portant sur les partis politiques, lidentité, la diversité, le fédéralisme et la multination ont été traduits dans une dizaine de langues.
Alain-G. Gagnon, a été élu en 2008 à la division des sciences sociales de la Société royale du Canada. Être nommé membre de la Société royale du Canada (MSRC) constitue la plus importante distinction qui puisse être décernée à un chercheur du domaine des arts, des lettres et des sciences humaines au Canada.
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